Afdelingen er ansvarlig for AIDS-Fondets økonomi og daglige drift.

Afdelingen er ansvarlig for AIDS-Fondet forebyggelseskampagner, fundraising og kommunikation.

AIDS-Fondets nationale afdeling er ansvarlig for organisationens test- og rådgivningstilbud, Checkpoint, hvor unge og LGBT+ personer kan få gratis test og rådgivning om hiv og sexsygdomme.

Det er AIDS-Fondets internationale afdeling, som er ansvarlig for organisationens internationale programsamarbejde. Det er også denne afdeling som arbejder med politisk fortalervirksomhed i forhold til udvikling af nye forebyggelsesmetoder.