Afdelingen er ansvarlig for AIDS-Fondets økonomi og udvikling af politik. Det er også denne afdeling, som står for organisationens kommunikation, kampagner og fundraising.

Det er AIDS-Fondets internationale afdeling, som er ansvarlig for organisationens internationale programsamarbejde. Det er også denne afdeling som arbejder med politisk fortalervirksomhed i forhold til udvikling af nye forebyggelsesmetoder.

AIDS-Fondets nationale afdeling er ansvarlig for organisationens test- og rådgivningstilbud, Checkpoint, hvor unge og LGBT+ personer kan få gratis test og rådgivning om hiv og sexsygdomme.