Afdelingen er ansvarlig for AIDS-Fondets økonomi og daglige drift.

Afdelingen er ansvarlig for AIDS-Fondet forebyggelseskampagner, fundraising og kommunikation.

AIDS-Fondets nationale afdeling er ansvarlig for Checkpoint, som er vores test- og rådgivningstilbud. Checkpoint har klinikker, hvor unge og LGBT+ personer kan få gratis test og rådgivning om hiv og sexsygdomme. Samtidig har Checkpoint en specialiseret rådgivning for hiv-positive og deres pårørende, samt personer der er i risiko for at blive smittet med hiv.

Det er AIDS-Fondets internationale afdeling, som er ansvarlig for organisationens internationale programsamarbejde. Det er også denne afdeling som arbejder med politisk fortalervirksomhed i forhold til udvikling af nye forebyggelsesmetoder.